Le programme de recherche du projet ANR E-PILOT s'organise en six partie (Work Package).
- Le WP1 a la charge de l'organisation et de le coordination scientifique du projet.
- Le WP2, expérimental, traite des essais en environnements contrôlés, des modèles réduits et des essais de laboratoire.
- Le WP3 traite de la seconde partie du travail expérimental, instrumentation et l'expérimentation in-situ.
- Le WP4 traite de la modélisation numérique quasi-statique et de la modélisation du creusement du tunnel.
- Le WP5 traite du comportement dynamique et des propagations d'onde entre tunnel et fondation par des approche numérique et analytique.
- Le WP6, enfin, regroupe toutes les actions de communication tournées vers le publique et la profession.